Fire brødre lever i kloaksystemerne under New York. Alle mutanter mellem skildpadder og teenagere og alle med råstyrke og stor retfærdighedssans. – Sådan lærte vi dem for første gang at kende i et tegne-serieunivers fra 1984. Men nu er de gået til filmen…
New York har hårdt brug for helte, for mørke kræfter har taget et jerngreb om byens borgere og ordensmagt. I spidsen for ondskaben står den japanske ninjamester, Shredder, og han virker uovervindelig, indtil de fire Teenage Mutant Ninja Turtles dukker op fra byens kloakker. Sammen med deres ven i menneskeskikkelse – den frygtløse reporter, April O’Neil, og hendes folk - bliver de en kæmpemæssig udfordring for Shredder og hans djævelske planer.